レプリカはされているようですが、
レプリカDB間で文書数に差分があります。
複製のスケジュール（接続文書）や複製の設定に問題なく、特定の文書が複製されないなどの場合、ACLにて、複製元・複製先のお互いに対するアクセス権を確認します。
読者フィールドの設定により複製する側のサーバーに読者権限が無いために複製されないことも考えられます。
ACLや読者フィールドでサーバーの読者権限・編集権限の有無をご確認下さい。
管理者であっても閲覧できない文書があり確認しきれない場合は、フルアクセス管理者でご確認下さい。
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（関連情報）
フルアクセス管理者の設定
フルアクセス管理者権限の有効化・無効化
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また、レプリケーションの分析ツールとして「replicationEZ」というツールがございます。
複製履歴や接続分析、ログ分析などを一画面にて操作することができます。
レプリケーションのお役立てツールとしてご紹介いたします。